Janeliūnas, Tomas. "Sovereign Democracy Yet another Attempt to Define Russias Regime". Lithuanian Foreign Policy Review, 2006/2 (18), Vilnius, 2007.
Janeliūnas, Tomas, Molis A., "Energy Security of Lithuania: Challenges and Perspectives". Lithuanian Political Science Yearbook 2005, Ed. Algimantas Jankauskas, Vilnius, 2007.
Janeliūnas, Tomas, Baubinaitė K., "Optimalaus regioninio aljanso paieškos: Lietuvos - Lenkijos strateginė partnerystė." Lietuvos metinė stateginė apžvalga 2005, (angliškai ir lietuviškai). Vilnius: Lietuvos karo akademija, 2006.
Janeliūnas, Tomas. "Komunikacinio saugumo grėsmės Lietuvai." Lietuva komunikacinių karų erdvėse. (konferencijos medžiaga, red. Lauras Bielinis), Vilnius, 2006. (rengiama spaudai).
Janeliūnas, Tomas, Molis A., "The NEGP Drops Away Lithuania's Hopes to Become Transit Country." The North European Gas Pipeline: Political and Economical Implications for Russia and the EU. (Ed. Philip Kazin), 2006, Saint Pebersburg. P. 20-24. ISBN - 5-902-440-05-X.
Janeliūnas, Tomas, "Gegužės 9-osios problema saugumizavimo teorijos ir komunikacinio saugumo požiūriu." Politologija, 2005, Nr. 2 (38). P. 3 - 30. (visas straipsnis, .pdf)
Janeliūnas, Tomas, "Saugumo studijos - grįžimas prie objektyvistinio analizės modelio." Politologija 2004, Nr. 2(34), P. 40-71. (visas straipsnis, .pdf)
Janeliūnas, Tomas, "Metodologinė studija geopolitiniams tyrimams." Politologija, 2004, Nr. 1(33), P. 115-119. (visa recenzija, .pdf)
Janeliūnas, Tomas, "Political and Security Implications for CEE: New Hopes and Old Fears." The new global strategy of the US: a challenge or chance? Implications for the countries of Central and Eastern Europe. Proceedings of the International Conference, Vilnius, February 27, 2004. Vilnius : Lietuvos karo akademija, 2005, - 46, - ISBN 9955-423-40-4
Lietuvos užsienio politika, 2002. (parengė J. Daniliauskas, D. Jakniūnaitė, T. Janeliūnas, [et al.]) - Vilnius : Vilniaus universiteto leidykla, 2004 (Vilnius : Spauda). - 219, [1] p ISBN 9986-19-637-X
Janeliūnas, Tomas, "Redistribution of Geopolitical Power in Central and Eastern Europe.", Lithuanian Political Science Yearbook 2002. Vilnius, 2003, P. 142-152.
Janeliūnas,Tomas, Lopata R., Laurinavičius Č., Nekrašas E., Vilpišauskas R., Radžvilas V., Motieka E., Bugajski J., Teleki I., Grgic B. Lithuania's Security and Foreign Policy Strategy. Washington, CSIS, 2002.
Janeliūnas, Tomas, Daniliauskas J., Kasčiūnas L., Motieka, E., Šiaurės šalių geostrateginė svarba Lietuvai. Strateginių studijų centras. Vilnius: Eugrimas, 2005. 115 p. ISBN 9955-501-98-7
Janeliūnas, Tomas, Adomėnas M., Augustinaitis A., et all.Lietuvos tauta: būklė ir raidos perspektyvos. Strateginių studijų centras, Pilietinės visuomenės institutas. Vilnius: Versus aureus, 2007, 440 p. ISBN 978-9955-699-78-1
Janeliūnas, Tomas. "Between EU and Russia: Opportunities for Belarusian Transformation". Lithuanian Foreign Policy Review, 2007/1 (19), Vilnius, 2007.
Tomas Janeliūnas.Komunikacinis saugumas, Vilnius: VU leidykla, 2007.
Tomas Janeliūnas, Laura Kirvelytė. "Gruzijos saugumo strategijos plėtra: sunkus kelias NATO link", Lietuvos metinė strateginė apžvalga 2008, Vilnius: Generolo Jono Žemaicio Lietuvos karo akademija, 2009. p.149-172, ISSN 1648-8016.